Церковь Святого Николая построена в XIX веке. Она является одной из старейших в Батуми и одним из самых почитаемых православных храмов. Инициатором постройки церкви стало греческое население Батуми во главе с главой города греком Ильёй Ефремиди. Церковь начали строить в 1865 году, закончили в 1871 году. Деньги на строительство были собраны прихожанами. Храм стал не просто культовым зданием, здесь была сфокусирована долгое время вся жизнь греческого населения Батуми. Тут функционировали женская и мужская школы, а также располагался церковный хор, который считался одним из лучших в Батуми. В 1878 году русские военные привезли колокол, который и сегодня украшает храм. В начале XX века греки острова Хиос преподнесли церкви иконы Святого Николая, Пресвятой Богородицы и Святого Георгия. В 1937 году церковь была разрушена, как и все другие храмы в Батуми. Реставрация церкви началась только после Второй мировой войны на добровольные пожертвования православного населения (греков, русских, грузин). В 1946 году церковь была торжественно открыта. До постройки Собора Рождества Пресвятой Богородицы церковь Святого Николая была кафедральным собором.
